Ученый совет – высший орган коллегиального управления университетом.
Состав  Ученого совета утверждается ежегодно.
Председателем Ученого Совета является ректор Баишев Университета.

Заместитель  председателя — проректор по направлению деятельности.

Председатель организует работу Ученого совета и обеспечивает его деятельность в соответствии с приказом и.о. Министра образования и науки Республики Казахстан «Об утверждении Типовых правил деятельности Ученого совета высшего учебного заведения и порядок его избрания» от 22 ноября 2007 года, № 574  и другими Новый нормативно-правовыми актами в области образования и науки Республики Казахстана и внутривузовским документом  СМК П 01-2019 «Положение об Ученом совете».

Ученый Совет организует свою работу на основе утвержденного плана работы на учебный год.

Цели деятельности Ученого совета:

• создание необходимых условий для обучающихся и профессорско-преподавательского состава вуза с целью успешной реализации профессиональных учебных программ;
• обеспечение финансовой поддержки, укрепление материально- технической базы вуза;
• содействие дальнейшему развитию вуза.

Деятельность Ученого совета основывается на гласности коллективного обсуждения вопросов, входящих в его компетенцию.

К компетенции Ученого совета относятся:

1. Утверждение структуры вуза;
2. Внесение изменений и дополнений в Устав вуза;
3. Создание, реорганизация и ликвидация учебных и научных подразделений вуза;
4. Определение концепции (стратегии) развития вуза;
5. Принятие решений по всем основополагающим вопросам организации учебно-методической, социально-воспитательной, международной, научно — инновационной  и
   хозяйственной деятельности вуза;
6. Заслушивание ежегодных отчетов ректора, проректоров, руководителей структурных подразделений,  отчетов о формах и методах ведения учебной, научно — исследовательской, воспитательной, финансовой, хозяйственной, информационной и международной деятельности и др.;
7. Утверждение учебных планов всех ступеней и форм обучения;
8. Рассмотрение и рекомендация к изданию учебников и учебных пособий и учебно-методических разработок, монографий и др.;
9. Принятие решения о переводе обучающихся с платного отделения на образовательный грант и на обучение в форме экстерната;
10. Принятие решения о назначении стипендии, учрежденной Президентом РК, и именных стипендий;
11. Утверждение тем и научных руководителей магистрантов по диссертациям (проектам),  студентов по дипломным работам (проектам);
12. Организация контроля финансово — хозяйственной деятельности вуза;
13. Определение порядка использования внебюджетных средств, а также направлений реинвестирования доходов, получаемых вузом путем оказания платных образовательных услуг и реализации производимой продукции;
14. Утверждение и присуждение почетных званий, именных стипендий и премий;
15. Рассмотрение вопросов о представлении сотрудников вуза, творческих коллективов к правительственным наградам и почетным званиям;
16. Рассматривает вопросы о представлении ученых вуза к присвоению ученых званий;
17. Рассмотрение иных вопросов текущей деятельности вуза, требующих коллегиального решения.