Ғылыми кеңес-Университетті алқалық басқарудың жоғары органы.
Ғылыми кеңестің құрамы жыл сайын бекітіледі.
Ғылыми кеңестің төрағасы-Баишев Университетінің ректоры.
Төраға орынбасары-қызмет бағыты бойынша проректор.
Төраға Ғылыми кеңестің жұмысын ұйымдастырады және оның қызметін «Жоғары оқу орнының Ғылыми кеңесі қызметінің үлгілік қағидаларын және оны сайлау тәртібін бекіту туралы» Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрінің м.а. 2007 жылғы 22 қарашадағы № 574 бұйрығына және Қазақстан Республикасының Білім және ғылым саласындағы басқа да нормативтік-құқықтық актілерге және «Ғылыми Кеңес туралы ереже» СМЖ-нің ЖОО ішіндегі құжатына сәйкес қамтамасыз етеді. Ғылыми кеңес өз жұмысын оқу жылына бекітілген жұмыс жоспары негізінде ұйымдастырады. Ғылыми Кеңес қызметінің мақсаттары:
Ғылыми Кеңестің құзыретіне мыналар жатады: